巧克力囊肿会影响卵巢功能，所以这种病的患者可以怀孕，但是相对比较困难。如果患者的病症轻微，可以尽早自然受孕。如果患者备孕半年以上无法受孕，需要对巧克力囊肿进行治疗。患者可以选择手术治疗或者药物治疗，如果治疗之后，一年之内不能自然受孕，则需要做试管婴儿。